慢性根尖周炎的原因，与牙齿龋坏、隐裂、牙周牙髓联合病变、逆行性感染等有关。慢性根尖周炎的感染最常见来自于牙髓病，其次是牙周病。细菌通过根尖孔、侧副根管及牙本质小管，感染牙髓并传导到根尖部。牙齿受到外力创伤，如打击、碰撞时，牙体硬组织和周围软组织发生损伤产生慢性炎症。颌骨发生恶性肿瘤时会破坏颌骨的正常组织结构，引发牙齿的慢性根尖周炎。进行根管治疗时，药物刺激或者器械穿出根尖孔等也会引起慢性炎症。