细菌性阴道炎的主要致病菌是厌氧菌，治疗需要选择抗厌氧菌药物，如甲硝唑、替硝唑、克林霉素，甲硝唑既可以抑制厌氧菌生长，又不影响乳酸杆菌生长，所以为临床上治疗细菌性阴道炎的首选药物。但是甲硝唑对支原体的效果差，也有部分人对甲硝唑耐药，所以如果确诊是细菌性阴道炎，且使用甲硝唑治疗一疗程后症状没有改善，就需要换药，换用克林霉素治疗，用克林霉素治疗后，还需要用阴道乳酸杆菌活菌胶囊调节菌群。