蜂巢蜜有润肠通便的功效，可以用于治疗便质干硬之便秘。经研究认为，蜂巢蜜中含有的乙酰胆碱，有促进胃肠蠕动之功效。另外，蜂巢蜜中有丰富的生物酶、维生素、微量元素等，有助消化的作用。故对于消化不良合并便秘患者，可适当吃些蜂巢蜜来助消化，以润肠通便。
蜂巢蜜不建议空腹食用，因蜂巢蜜中富含有机酸，若长期空腹食用，易因胃酸过多而引发胃肠疾病。建议将蜂巢蜜中的蜂蜜取出来，冲蜂蜜水饮用。