IgA肾病本身是依据病理改变，尤其是依赖免疫病理改变来诊断的。IgA肾病患者的病理光镜下可见肾小球系膜病变，这是IgA肾病最基本的组织学改变，表现为系膜增生和系膜基质增多。
免疫病理改变是诊断IgA肾病必须的检查，主要表现为以IgA为主的免疫球蛋白，在肾小球系膜区呈团块状或颗粒状弥漫沉积，可伴有IgA和IgM的沉积，绝大多数病例合并C3的沉积并与IgA的分布一致。
IgA肾病的临床表现及尿液检查均缺乏特异性，因此必须依靠肾活检病理才能确诊，肾活检不仅可以明确IgA肾病的诊断，而且可以明确病情的性质与程度、指导分型及制定正确的治疗方案。