上颌骨囊肿手术后遗症包括口鼻瘘，上颌窦瘘，上颌前牙区麻木及牙齿松动。如果囊肿位于上颌前牙区，位置较高，与鼻腔相近，则鼻底粘膜易于刮除过程中破损并造成口鼻瘘，鼻腔分泌液，比如鼻涕会进入口腔。而若上颌骨囊肿压迫鼻腭神经管，术中需结扎鼻腭血管及神经，术后会使上颌前牙区麻木。如果上颌骨囊肿位于后牙区，与上颌窦关系紧密，术中上颌窦底易穿孔，术后有可能形成上颌窦瘘及上颌窦炎。上颌骨囊肿术后还有可能使术区牙齿松动。