有的人认为复发性阿弗他溃疡也就是常见的口腔溃疡和维生素B1、维生素B2、维生素B6、维生素B12缺乏有关，也有的人认为和微量元素缺乏有关比如缺锌、铁、硒。但是医学上目前认为口腔溃疡和维生素或者微量元素有关，复发性阿弗他溃疡病因比较复杂，目前没有确切的病因，很多人认为除了营养缺乏还与免疫因素、遗传因素有关，有的人具有系统性疾病、病毒感染或者其他的原因都可以引起复发性阿弗他溃疡，比如有细胞免疫或者体液免疫缺陷的时候，也就是得了自身免疫性疾病的时候就可以引起复发性阿弗他溃疡。