非结核分枝杆菌的预防关键是避免诱因，如针对免疫力低下的人应尽量避免非结核分枝杆菌感染的环境，对于可能出现该细菌的腐生物进行无害化处理等，同时可针对高危人群定期进行核菌素试验和细菌学检测筛查。
（1）针对免疫力低下的人应尽量避免非结核分枝杆菌感染的环境，同时可口服药物进行预防。
（2）对于可能出现该细菌的腐生物进行无害化处理。