口吃的病因尚未明确，可能与遗传、儿童发育、神经生理及环境等因素有关，是一种复杂的言语障碍。
1、遗传因素：在约30%~60%的口吃患者的家庭中，存在口吃患者或者曾经患有口吃。研究发现口吃与第9、10、12、13和18号染色体上的变化有关，对DRD2基因(大脑中一种普遍存在的多巴胺受体)的遗传分析表明，在成人口吃患者中，一种特定等位基因的频率增加。
2、儿童发育因素：有证据表明，不良的围产期结局(如早产)和与分娩相关的创伤导致了发育性口吃的发病，出生在23~27周的早产儿比出生大于32周的早产儿更容易口吃。
3、神经生理因素：神经影像学研究表明，与正常人相比，口吃患者的大脑解剖和功能存在差异，特别是在听觉和运动区以及基底节，口吃患者中枢神经系统中的多巴胺能系统过度活跃。
4、环境因素：父母对孩子期望过高，孩子长期处于恐惧、焦虑、紧张情绪之中，也会增加口吃的风险。