如果排便困难、排便费力、大便干结伴有腹部不适，排便的频率小于一周三次的话可以诊断为便秘，病程超过六个月考虑为慢性便秘。便秘的原因分为器质性疾病和功能性的便秘，器质性的疾病包括肠道的疾病以及系统性的疾病，肠道的疾病包括先天性巨结肠、结肠癌，炎症性的疾病造成结肠狭窄从而导致排便困难，系统性的疾病包括铅中毒、糖尿病等等。
如果经过结肠镜以及全身系统的检查没有器质性的病因，考虑为功能性的便秘，功能性的便秘又分为慢传输型便秘、出口梗阻型便秘和混合型便秘。慢传输型便秘是因为肠道蠕动过慢，造成大便中的水分被过度吸收从而造成大便干硬排不出来，出口梗阻型便秘是由于肛门的括约肌以及直肠在排便的过程中不协调蠕动所造成的。