肺变应性肉芽肿性血管炎临床表现多样，可累及多系统。几乎所有患者肺部在病程中均会出现哮喘，但有时哮喘症状不明显或不典型，晚期可出现嗜酸粒细胞浸润或血管炎后出现发热、咳嗽、呼吸困难，甚至呼吸衰竭。
1、第一阶段为哮喘，临床表现同支气管哮喘。
2、第二阶段为嗜酸性粒细胞浸润阶段，临床可无症状。
3、第三阶段肉芽肿性血管炎阶段，出现发热、咳嗽、呼吸困难等症状。