1、血常规及生化检查：白细胞总数及淋巴细胞减少，血常规可见幼稚淋巴细胞。血小板明显减少，于6~12病日降至最低，可低至10×10^9/L。血浆纤维蛋白原减少，纤维蛋白降解产物增加。血沉加快、血清转氨酶升高，发病早期即可检测到蛋白尿。
2、抗体检测：应用间接免疫荧光实验检测特异性IgM和IgG抗体，一般IgM抗体在发病后第7天出现，持续2~3个月，单份血清IgM抗体阳性即可诊断。
3、病原学检测：马尔堡病毒抗原检测，病毒核酸检测，病毒分离培养，阳性者可以诊断。
4、病毒分离：将急性期血标本接种于Vero细胞培养或接种于豚鼠的腹腔内，在细胞培养中，用免疫荧光法可看到抗原集聚在细胞质内，用电镜可找到典型的病毒结构。
5、血清学检查：可采用间接免疫荧光技术和单克隆抗体的ELISA法，ELISA法检测感染动物的肝脾中的病毒抗原，其敏感性和特异性可达92%~98%。也可应用RT-PCR法检测病毒RNA，具有既敏感又特异的优点。