应用左旋肉碱有可能会引发不良反应，肝肾功能较弱的人服用左旋肉碱往往会出现不良反应，过多服用左旋可能出现腹泻的情况。左旋肉碱燃烧脂肪，提供能量也同样会使人兴奋，所以服用左旋肉碱往往可能导致失眠，影响睡眠质量。如果长期服用左旋肉碱，高消耗低摄入会造成营养不良，而使身体机能下降。左旋肉碱有可能会对肌肉产生危害，造成肌肉无力、肌肉萎缩等情况。