支原体感染大部分患者可以彻底治好，如果治疗的疗程不够，部分患者可以出现复发。对于肺炎支原体引起的肺炎，治疗疗程要求至少在两周的时间。对于解脲支原体、生殖道支原体，以及人型支原体，通过性行为传播的非淋菌性尿道炎，及前列腺炎、附睾炎，或者女性的阴道炎、盆腔炎、子宫内膜炎等，最好疗程在三周或者更长的时间。
泌尿生殖道的支原体感染，复发的几率比肺炎支原体还要高，所以疗程最好三周以上。对于治疗支原体的药物，选择以下三类，可以选用四环素类的，比如米诺环素、多西环素，或者喹诺酮类的药物，左氧氟沙星、环丙沙星。可以选择大环内酯类的药物，比如阿奇霉素、罗红霉素，但是大环内酯类的药物，目前耐药率越来越高，部分患者应用之后有可能出现无效。