亚急性感染性心内膜炎病因最常见为草绿色链球菌(80%)，系正常咽腔菌丛，仅在用力刷牙、镶牙、特别是在拔牙后引起菌血症而发病。其他如粪链球菌也可引起严重心内膜炎，见于胃肠道或泌尿生殖道感染，常在泌尿生殖道器械检查或分娩之后细菌进入血流而致病，引起心内膜炎的霉菌有组织胞浆菌属和各种念珠菌属，后者常见于糖尿病病人、心脏瓣膜置换病人及皮下或静脉注射毒品成瘾的病人。厌氧菌感染并非常见，但若有赘生物形成，则可为厌氧菌滞留在灌注不良的赘疣内提供机会。由金黄色葡萄球菌、白色葡萄球菌、立克次体、产气杆菌引起者均有报道。