咽喉部出现囊肿可能会发生在咽喉部不同的位置，包括软腭及扁桃体表面，舌根、下咽部或者会厌，还可能会出现在声带黏膜表面。如果声带黏膜表面出现囊肿，即使再小的囊肿也可能会引起声音嘶哑的症状，如果囊肿较大，甚至会导致患者完全失声，发不出声音来。其他部位的咽喉囊肿如果体积较小，可能没有明显的不适感，如果体积较大的话，可能会造成一定程度的异物感、堵塞感等。