眼睛结膜炎应该针对病因进行治疗，以局部给药为主，必要时予以全身药物治疗。常用的治疗方式如下：
1、滴眼药水：这是治疗结膜炎最基本的给药途径，对于微生物性结膜炎，应该选用敏感的抗生素眼药水，或者抗病毒眼药水进行治疗。必要时，可以根据病原体和药敏试验，选择有效药物进行治疗。对于非微生物所致的结膜炎，例如过敏性结膜炎，需要使用抗过敏眼药水或者激素类眼药水进行治疗；
2、眼药膏涂眼：可在夜间发挥持续性作用，可以选择抗生素眼膏或抗病毒眼膏；
3、冲洗结膜囊：当结膜囊分泌物较多时，可以给予生理盐水冲洗；
4、全身治疗：严重的结膜炎，如淋球菌性结膜炎和衣原体性结膜炎，还需要全身使用药物进行治疗。