食管炎比较推荐用的药物包括促进食管和胃排空的药物，如多巴胺拮抗剂，此类药物能促进食管胃的排空，增加食管下段括约肌的压力，包括甲氧氯普胺和多番立酮睡前和餐前服用，莫沙必利能够通过长期从节后神经释放乙酰胆碱而促进食管胃的蠕动，从而减轻胃食管反流的症状。胆碱药，乌拉胆碱能增强食管下段括约肌的张力，促进食管收缩，加快食管内酸性食物的排空以改善症状，降低胃酸的药物，抑制胃酸分泌的抑酸剂可以中和胃酸，从而降低胃蛋白酶的活性，减少酸性胃内容物对食管黏膜的损伤，常用的药物有氧化铝凝胶及氧化镁，质子泵抑制剂，该类药物能阻断壁细胞的氢离子、钾离子的ATP酶，如奥美拉唑和兰索拉唑已经广泛应用，组胺H2受体拮抗剂如法莫替丁也可以选用，能够强烈抑制胃酸分泌而改善胃酸反流的症状。