沙眼的治疗包括全身和眼局部药物治疗以及对并发症的治疗。局部用0.1%利福平滴眼液、0.1%酞丁胺滴眼液或0.5%新霉素滴眼液等点眼，1天4次，夜间使用红霉素眼膏或者是四环素类眼膏，疗程最少为10-12周，经过一段时间治疗后，在上睑结膜仍可能会存在滤泡，但这并不是治疗失败的依据。急性期或严重的沙眼应该全身应用抗生素治疗，一般疗程为3-4周，可口服多西环素100mg，1天2次，或红霉素1天1克，分4次口服。手术矫正倒睫及睑内翻是防止晚期沙眼瘢痕形成导致失明的关键措施。相应治疗和改善卫生环境后沙眼可以缓解或症状减轻，避免严重并发症。在流行地区再度感染常见，需要重复治疗，预防措施和重复治疗应结合进行，应培养良好的卫生习惯，避免接触感染，改善环境。