慢性浅表性胃炎伴胆汁反流的症状，轻重与胃黏膜的病变并非一致，大多数常无症状或有程度不同的消化不良症状，如上腹隐痛、食欲减退、餐后饱胀、反酸等。严重者可出现贫血、消瘦、舌炎、腹泻等，个别病人伴胃黏膜糜烂者出现上腹痛较明显合并有出血，如呕血、黑便，症状常常反复发作，无规律性腹痛。
疼痛经常出现于进食后或进餐过程中，多数位于上腹部，其中部分患者部位不固定，轻者间歇性隐痛或钝痛，严重者为剧烈的绞痛。此外，因为胆汁反流还容易出现食欲下降、恶心、呕吐、嗳气等症状，引起患者的失眠、焦虑情绪。