衣原体阴性首先要搞清楚是通过什么样的方法做的检查，比如是通过抗体的检测还是通过核酸的检测。如果通过核酸的检测，能够除外某一种衣原体，还要搞清楚是针对哪一种衣原体做的检查。对于抗体的检测，其中有些检查可以包括几种衣原体，有些检查是针对某一种衣原体，但无论是采用的哪种方法，做核酸或者做抗体的检测，其实都可以出现假阴性，还要注意假阴性的问题。如果患者从临床表现上有衣原体感染的可能，而且高度怀疑，疑似结果阴性，不能够完全除外，还要注意重新复查，目前临床上常见的衣原体感染有以下几种：
第一种，肺炎衣原体，主要通过呼吸道飞沫引起肺部的炎症，可以引起气管炎，也可引起肺炎，主要表现以发热、干咳为主。
第二种，衣原体是鹦鹉热衣原体，主要见于饲养鹦鹉、鸽子等鸟类这部分人群，引起的主要也是肺炎，表现为高热、咳嗽，可以出现干咳，但有些人可以出现少量的黏痰。
第三种，沙眼衣原体，主要引起眼睛沙眼。另外，这个病原体也可以引起泌尿生殖道的感染，是一种性传播疾病。
患者可以对照以上几种衣原体的感染，如果有高度可疑的感染，比如阴性，还可以再去重新复查。