肠道疾病的症状主要有腹胀、腹痛、腹泻、恶心、呕吐、便秘、便血。当肠道功能出现紊乱、肠道蠕动过慢、菌群失调、有害菌大量繁殖，有害细菌与食物发酵产生气体会导致腹胀。
肠道出现炎症时，因为有炎症刺激肠壁导致肠道蠕动过快，可出现大便次数增加、腹痛、腹泻。由于各种原因引起的肠道腔狭窄，常在血液循环受阻，排便不通畅时会出现梗阻，肠道内的粪便不能排出可导致肠道和腹部压力增高，因此会导致恶心、呕吐。
由于饮食不当或者精神因素导致肠道蠕动出现异常会导致大肠干燥、排便困难，出现便秘。肠道内有痔疮、肠道息肉、肠道肿瘤时，粪便排出时摩擦肠道肿物表面组织导致破溃、出血，因此会有便血的情况。