妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染主要是治疗感染患者，防止传染给性伴侣和新生儿，可针对病因选用抗生素进行抗感染治疗，出现并发症时积极治疗并发症。
一、一般治疗
妊娠合并沙眼衣原体感染的孕妇需要注意外阴清洁、卫生，与病人接触的生活物品严格消毒。
二、药物治疗
1、对于妊娠期生殖道沙眼衣原体感染首选阿奇霉素或阿莫西林，不推荐使用红霉素，孕妇禁用多西环素、喹诺酮类和四环素。同时治疗性伴侣，治疗3~4周后复查。
2、对于妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染患者产下的新生儿来说，为了预防衣原体结膜炎可用1%硝酸银滴眼液或0.5%新霉素眼膏、金霉素眼膏涂双眼，预防新生儿肺炎可用红霉素治疗。
三、手术治疗
目前无明确手术治疗妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染的方法，主要以抗生素治疗为主。