慢性结膜炎的治疗原则与急性结膜炎相似，但是需要长期治疗，常用的眼药水包括以下几种：
1、抗生素眼药水：对于细菌所导致的慢性结膜炎，可以选用广谱抗生素眼药水进行治疗，常用的眼药水包括妥布霉素滴眼液、盐酸左氧氟沙星滴眼液等；
2、抗组胺眼药水：对于过敏所导致的慢性结膜炎的患者，可以考虑用肥大细胞稳定剂和抗组胺的眼药水，常用的眼药水为富马酸依美斯汀滴眼液和盐酸奥洛他定滴眼液等；
3、激素类眼药水：可以局部滴用低浓度的糖皮质激素眼药水，例如氟米龙滴眼液等，但是不能长期使用激素类眼药水，谨防眼压升高和造成白内障；
4、其他眼药水：慢性结膜炎患者如果合并眼睛干涩，还可以滴用玻璃酸钠滴眼液。