二者的区别如下：一、甲沟炎是指（趾）甲及甲床的连接处感染，灰指甲的学名叫甲真菌病，是甲板本身的感染；二、致病菌不同：甲沟炎多数是由于革兰氏(-)或者革兰氏(+)细菌感染，引起的少数情况下是由白色念珠菌感染引起的，而甲真菌病是由皮肤癣菌、酵母菌或者霉菌感染引起的；三、治疗不同：甲沟炎多数情况下是需要抗生素治疗（比如阿奇霉素），甲真菌病予伊曲康唑胶囊口服治疗。