由于系统性红斑狼疮是一种多系统损害的慢性自身免疫性疾病，目前虽不能根治，但经过专科医师的科学指导，能得到很好地控制。临床中主要以早期、积极、综合治疗为主，治疗措施个体化为原则，对系统性红斑狼疮患者进行疾病教育、医学营养治疗、运动治疗和药物治疗等。
一、一般治疗
1、去除诱因：及时去除对日常生活中能够诱发或加重系统性红斑狼疮的各种因素，如避免日光曝晒，避免接触致敏的药物(染发剂和杀虫剂)和食物，减少刺激性食物的摄入，尽量避免手术和美容，不宜口服避孕药等。
2、休息和锻炼：在疾病的开始治疗阶段休息十分重要，但当药物已充分控制症状后，应根据患者的具体情况制订合理的运动计划，可参加适当的日常工作、学习，劳逸结合，动静结合。
3、精神和心理治疗：避免精神刺激，消除各种消极心理因素，患者要充分认识到本病的长期性、复杂性和顽固性，不要对前途和命运担忧。无论病情是否缓解，都应定期到专科医生处进行长期随访，及时得到指导，才能巩固最佳的治疗效果。
4、教育病人尽量防止感染：因为系统性红斑狼疮本身就存在免疫功能低下，再加上长期接受免疫抑制剂治疗，其抵抗力进一步下降，故易继发感染。一旦感染后应及时去医院就诊，及时控制感染，以免病情反复。应教育病人平时适当使用提高免疫力的药物，如转移因子、胸腺素等，同时还应开导病人调整心理状态，因长期抑郁或精神受刺激、情绪不悦，通过神经-免疫-内分泌网络可加重病情，不利于治疗。
二、药物治疗
1、非甾体类抗炎药：如乐松、西乐葆、芬必得等。适用于有低热、关节痛、皮疹、心包炎及胸膜炎的患者，对患有神经精神症状者可给予降颅压、抗癫痫、抗抑郁等治疗。
2、糖皮质激素：如醋酸泼尼松片或甲泼尼龙片，根据病情选用不同的剂量和剂型。因激素的不良反应有库欣征、糖尿病、高血压、抵抗力低下并发的各种感染、应激性溃疡、无菌性骨坏死、骨质疏松及儿童生长发育迟缓或停滞等，所以需遵医嘱服用。
3、免疫抑制剂：如环磷酰胺片，对肾炎、肺出血、中枢神经系统病变、血管炎和自身免疫性溶血性贫血者有效。不良反应有消化道不适(恶心、呕吐等)、骨髓抑制、肝脏损害、出血性膀胱炎、脱发、闭经和生育能力降低等。
4、大剂量免疫球蛋白冲击，血浆置换：适用于重症患者，常规治疗不能控制或不能耐受，或有禁忌证者。
5、生物制剂：如利妥昔单抗注射液，是治疗系统性红斑狼疮的新型药物。
三、手术治疗
该病一般无需手术治疗。