先天性胫骨缺如临床罕见，且病因尚不明确，有推测该病与基因突变有关，也有报道与家族性遗传有关，好发于有先天性胫骨缺如家族史的儿童。
1、基因突变：如病毒感染、长期的放射暴露，可能会引起基因突变，从而引发先天性胫骨缺如。
2、遗传：家族中有先天性胫骨缺如病史时，可能会遗传给后代，导致先天性胫骨缺如的发病。
3、胚胎环境：如孕妇出现羊水过多，可能会引起先天性胫骨缺如。