由于病因和发病机制尚未完全明确并缺乏大规模临床试验，目前SAPHO综合征治疗仍为经验治疗，分药物和手术两大类。
一、药物治疗
1、非甾体类抗炎药(NSAIDs)：如布洛芬，通常用作缓解疼痛或在诊断阶段的一线治疗，长期使用注意胃或肠道的出血、溃疡和穿孔。
2、关节内或全身性皮质类固醇：在大多数患者中短暂有效，但长期使用易导致库欣综合征。此外，撤药时皮肤和/或骨骼受累经常复发。
3、抗生素：感染为可能诱因之一，可使用抗生素治疗，如头孢类抗生素、克林霉素，但只有一小部分患者对此有反应，并且这种效果通常是局限的，在停药后消失。
4、双膦酸盐：具有一定疗效，很少有关于皮肤不适或诱发病情恶化的报道。
5、维A酸类：若患者皮肤出现痤疮、化脓性汗腺炎等可应该该类药物予以治疗。
6、生物制剂：
（1）抗TNF-α药物：它的作用机制包括阻断TNF-α的作用并诱导表达TNF-α的T细胞凋亡。作为对常规药物无反应或难治的SAPHO病例的治疗选择，在标准剂量下已显示出对骨骼、皮肤和关节表现的疗效。
（2）抗IL-1药物：抑制IL-1信号传导，已被两组研究人员证明在少数已发表的患者中有效，暂无更多研究结果。
二、手术治疗
手术是治疗SAPHO综合征备选手段之一。某些快速进展性破坏性脊椎炎患者，不宜一味采用保守药物治疗，而需及时手术。有研究者采用关节镜下滑膜切除术治疗难治性膝关节滑膜炎，采用全髋关节置换术治疗疼痛剧烈且活动明显受限的髋关节炎，均取得较为满意的疗效。
三、其他治疗
现在新的抗IL-1拮抗剂或IL-17阻断剂可以考虑作为最难以治疗的SAPHO病例的治疗选择。关于这种罕见疾病使用生物药物或小分子的双盲随机对照研究仍在等待中。