单纯肾囊肿通常不会引起蛋白尿，多属于肾脏的一种良性病变，随着年龄增长，发病可逐渐增高，但囊肿比较小，数量比较少，对肾实质一般不构成压迫，临床症状不明显，可能会在明显增大时有腰疼及血尿等。
但对于复杂性肾囊肿，尤其是先天性多囊肾等，由于整个肾脏充满了大小不等的囊肿，可能会引起肾结构和功能发生改变，使实质受压，最终导致肾小球的功能逐渐损坏或者丧失，引起蛋白尿、高血压及肾功能不全，尤其在蛋白尿的同时往往会合并血尿。