从尾蚴侵入至出现临床症状的潜伏期长短不一，感染重则潜伏期短，感染轻则潜伏期长。湄公血吸虫病临床表现复杂多样，轻重不一。根据患者感染的程度、时间、免疫状态、治疗是否及时等不同，临床表现各异。
一、典型症状
1、发热：患者均有发热，伴有畏寒、出汗。热度及热程与感染程度成正比，以间歇型、弛张型多见。
2、过敏反应：临床上可能出现荨麻疹，血管神经性水肿，淋巴结肿大等。血中嗜酸性粒细胞显著增多，对诊断具有重要参考价值。
3、消化系统症状：发热期间多伴腹部不适，腹痛、腹泻、呕吐、肠道脓肿、溃疡等。长期感染、危重患者得不到及时治疗或治疗不彻底者，容易发展为慢性湄公血吸虫病。
4、肝脾肿大：绝大多数急性期患者有肝脾肿大，其质软，且有扣压痛。晚期湄公血吸虫病还可出现肝纤维化。
二、其他症状
部分患者可长期无症状，仅于体检或尸检、直肠活组织检查时发现，因并发症就诊时才诊断为湄公血吸虫病。晚期可出现消瘦、肝脏萎缩、肝硬化、腹水、腹壁静脉怒张等症状。