先天性肥厚性幽门狭窄的治疗包括药物疗法和手术疗法，但药物治疗临床少用。先天性肥厚性幽门狭窄确诊后应及早进行幽门环肌切开术，手术方法简便，效果好。近年腹腔镜幽门肌切开术在国内已被普遍开展。
一、药物治疗
药物治疗临床少用，因为效果欠佳，且极易复发，只可用于暂时缓解症状。如可使用阿托品溶液、山莨菪碱解痉治疗，脱水者可给予葡萄糖盐水适当补液。
二、手术治疗
手术方法有传统手术治疗和腹腔镜手术治疗，腹腔镜手术治疗创口小、效果好、恢复快，近些年腹腔镜幽门肌切开术在国内已被普遍开展。