自身免疫性脑炎痊愈以后有一定概率会出现精神异常，自身免疫性脑炎是一种自身免疫功能紊乱所引起的免疫性炎症，主要累及中枢神经系统，导致边缘叶、海马、颞叶等部位受损伤，脑细胞损伤如果较重一般不可修复且不可再生。因此，即使炎症治愈以后此种损伤也可能长期存在，损伤后可以导致一系列临床症状，其中包括精神异常，称为器质性精神障碍。治疗上除了针对脑炎本身进行处理以外，还可以使用抗精神病药物控制症状，目前比较常用奥氮平、喹硫平，一般经过对症处理后患者症状多可以缓解。如果脑炎完全痊愈以后仍然遗留器质性精神障碍的表现，则可能会长期存在。