胃镜麻醉药的副作用主要有：1，过敏反应，一般的过敏反应都是医生可以控制的，最害怕的是高敏反应。临床上胃镜检查用得最多的是麻醉药是丙泊酚，在应用这个药物之前都会常规问一下患者对此药，或者对豆类制品是否有过敏，进而可以避免。2，局部注射的时候会有刺激性的疼痛，如果药物有皮下渗出，可能会出现皮下肿胀，有的病人可能会影响到这一侧肢体的短暂性的活动障碍，冷敷休息之后可以很快缓解。3，麻醉药物最严重的并发症，就是可以引起呼吸的暂停，甚至死亡，这是非常致命的，但是在整个胃镜完善的过程当中都有医生随时随地监测，以保证麻醉安全。