肛瘘术后一般2-3周就不用再换药，但患者即使不用换药，平时还需要注意肛门局部清洁卫生，因为此时肛门手术切口并没有完全愈合，在每次排便后以及睡前，均应使用药物清洗切口，可以采用高锰酸钾溶液坐浴清洗切口，还应该定时回医院复诊，以防止出现假性愈合。但具体时间还应结合肛瘘手术切口的大小，对于一些浅表的低位肛瘘术后患者，可能在两周之内就不需要再换药。
但对于一些高位，甚至高位复杂性肛瘘的患者，由于手术切口偏深，手术创面也偏大，可能需要3-4周的换药时间。