急性化脓性扁桃体炎常见的致病菌包括乙型溶血性链球菌、葡萄球菌等，也可能会混合有厌氧菌，以及其他各种细菌和病毒的感染。
发生急性化脓性扁桃体炎的患者，首选用药包括青霉素类，以及头孢菌素类的抗生素。化脓感染的程度较重时，往往需要采取静脉输液抗感染的治疗措施。患者还可以适当口服一些有清热解毒功效的中成药物，比如喉咽清口服液、六神胶囊等。