阴茎水肿的常见原因，可以是泌尿系统的问题，也可以是非泌尿系统的问题。阴茎水肿常见的有炎症性水肿，见于感染、淋巴回流障碍性水肿、丝虫病等。静脉回流障碍性水肿，见于静脉曲张、血栓静脉炎等血管神经性水肿、神经源性水肿和局部黏液性水肿。
最常见的水肿原因是感染或包皮手术后的水肿，感染性的水肿还是应当以抗感染为主，并酌情加用外部清洗的药物，需要根据病原微生物的不同而选择不同的药物来处理。包皮术后的水肿原因是创伤渗出以及血管淋巴回流障碍造成，一般在2周内可自行消退。
多数患者可持续3个月以上，这是与患者过早的进行性生活、回流障碍尚未恢复以及局部刺激等因素相关，因此随着时间的延长，也会逐步恢复。对于其他原因引起的水肿，首先是处理其他病因，当病因去除以后，水肿会很快就会消退。