恰加斯病主要通过感染克氏锥虫的锥蝽粪便传播，还可通过母乳、胎盘等方式感染人群；人群普遍易感，免疫力低下者更易感。
机体免疫力低下时，克氏锥蝽虫锥鞭毛体经皮肤创口感染侵入人体血液，导致患者发病。该病也可通过母乳、胎盘、输血或食入传染性锥蝽粪便污染的食物而感染。此外，接受器官移植或者实验室被克氏锥虫污染等也有可能造成感染。