碘缺乏最主要的危害是引起碘缺乏病，碘是甲状腺合成甲状腺激素的原料。如果碘缺乏后甲状腺合成、分泌的甲状腺激素会减少，甲状腺激素最主要的作用是促进新陈代谢、生长发育，甲状腺激素和胎儿大脑的形成和成熟，以及骨骼的成熟密切相关。
碘缺乏会造成碘缺乏病，使得出现地方性的甲状腺肿、克汀病、地方性亚临床克汀病，同时单纯性的聋哑、流产、早产、死胎、先天畸形等。碘缺乏病可以通过食用碘盐预防，碘盐中包含的碘可以满足人体每天碘的需求量，坚持食用碘盐可以防治碘缺乏病。