阴茎切除对身体的最重要影响来自于性生活以及排尿两方面，当然还有心理上的影响。患者因为各种原因可能会需要做阴茎切除，例如严重的损伤、阴茎癌等。如果做的是部分切除，阴茎能够剩2cm以上，通常还可以站立排尿。如果不足2cm，通常需要蹲位排尿。
另外，对性生活的影响，阴茎部分切除，如果剩余阴茎勃起后能有5-6cm长，还可以进行性生活，如果不足这个长度就无法进行正常的性生活。阴茎切除的患者往往在心理上也会有很大的伤害，心理上的影响对一些患者来说比生理上的影响还要久远，还要更加难克服。