甲胎蛋白的检查是用来进行原发性肝癌的筛查，对于有慢性肝病病史的患者如乙肝、肝硬化，AFP检查是必须的。AFP明显的异常或者在短期内进行性升高，应进一步完善肝脏的影像学检查如肝脏CT或者磁共振。
甲胎蛋白还用来预测肝衰竭病人的预后，重型肝炎的病人AFP高，提示肝细胞再生能力强，预后较好，反之提示病人的肝细胞再生能力差，预后差。