念珠菌病的病因分为可分为内源性引起、外源性感染：
1、内源性引起：机体的抵抗力或免疫力低下时增加了念珠菌感染的机会，例如糖尿病、肺结核、大面积烧伤、内脏及器官的移植、长时间使用皮质类固醇激素和免疫制剂，长期大量使用广谱抗生素。
2、外源性感染：即接触性传染。例如念珠菌性龟头炎（夫妻性接触），哺乳期妇女的乳头皮肤念珠菌病。多数来自患有鹅口疮，也常由其母亲患念珠菌性阴道炎所引起。由于职业原因，双手长期泡在水中，若接触念珠菌后，也会患皮肤念珠菌病。器官移植、心脏支架手术等可使该病的发病率日趋增多。