小儿心房扑动主要的预防措施是在小儿出生前，夫妻要做好遗传咨询、产前筛查、产前保健；对于已经出生的患儿，要积极治疗原发病，同时纠正电解质紊乱，并且减少手术创伤以及术后瘢痕。
1、预防先心病：
（1）遗传咨询：因为先心病中有一部分有遗传倾向，若有家族史者要做好遗传咨询。
（2）产前保健：在妊娠早期积极预防风疹、流感等病毒性疾病，孕妇应尽量避免服用药物，如必须使用，必须在医生指导下进行。孕妇尽量少接触射线、电磁辐射等不良环境因素。
（3）产前筛查：孕中期18~22周为先心病的最佳检测时间。
2、积极治疗患儿的原发病：
（1）先心病，先天性心脏病或旁路者大多数手术后房扑可消失。
（2）积极治疗心肌炎、风湿性心脏病、甲状腺功能亢进等疾病。
（3）防治各种电解质紊乱，尤其是低钾血症。
（4）洋地黄中毒者立即停服洋地黄制剂，并且纠正可能伴随的电解质紊乱。
（5）尽量减少手术中的创伤，避免术后瘢痕导致房扑。