精子畸形率升高的药物治疗，分为特异性治疗和非特异性治疗，针对生殖道的细菌、支原体、衣原体感染导致的畸形率升高，可以口服抗生素治疗，最常用的抗生素包括头孢类，如头孢呋辛、头孢地尼等，大环内酯类抗生素，如罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等。对于其它不明原因引起的畸形率升高，则可以口服维生素C、维生素E行抗氧化治疗，这属于非特异性治疗。也可以通过论治的方法选择合适的中药或中成药治疗，常用的中成药包括五子衍宗丸、六味地黄丸、复方玄驹胶囊、麒麟丸等。