1、第一鳃裂瘘管：第一鳃裂瘘管发生率很低，在所有的鳃器发育异常中占10%以下。鳃裂瘘管首次发病多在婴幼儿时期，常并发耳周和舌骨平面以上的颈部感染。患者反复感染并且多次行切开引流，有因处理不当损伤面神经的报道。
2、第二鳃裂瘘管：第二鳃裂瘘管是最常见的一种，多位于颈中部颈深筋膜下，一般囊肿位置比瘘管外口稍高一些，囊液常为清水样或黏液，瘘管外口大多位于颈侧下1/3胸锁乳突肌前缘，有内口者，多开口于扁桃体下窝、上窝或扁桃体内。
3、第三鳃裂瘘管：第三鳃裂瘘管少见，瘘管位于迷走神经之前颈总动脉之后，其他与第二鳃裂瘘管无大差异。
4、第四鳃裂瘘管：第四鳃裂瘘管不引起颈部先天畸形。因第四鳃动脉演化的血管左侧为主动脉弓，右侧为锁骨下动脉，所以第四鳃裂瘘管多发生在或绕过这些血管的下面。