腺病毒性角结膜炎患者的治疗周期一般为4周。腺病毒性角结膜炎患者应用对症治疗以及抗病毒药物治疗，同时早期加用糖皮质激素，可以缩短病程，减轻患者的不适症状，减少角结膜并发症的发生。本病也可以用绷带镜治疗，可对角膜起到保护作用，同时有效延长药物的停留时间。
一、一般治疗
对症治疗：局部冷敷和使用血管收缩剂可减轻结膜充血水肿，缓解症状。
二、药物治疗
1、干扰素滴眼剂：急性期用抗病毒药物抑制病毒复制，如干扰素滴眼剂、0.1%阿昔洛韦、0.15%更昔洛韦等，每小时一次。
2、抗生素：合并细菌感染时加用抗生素治疗，如青霉素类，大环内酯类等。
3、糖皮质激素滴眼剂：出现严重的膜或假膜，上皮或上皮下角膜炎引起视力下降时，可考虑使用糖皮质激素滴眼剂，如0.1%的氟米龙，控制后应减少糖皮质激素滴眼剂的滴眼频度至每天一次或隔天一次，应用中要注意逐渐减药，不要突然停药，以免复发，另外还要注意激素的副作用。
三、手术治疗
本病无需手术治疗。
四、其他治疗
绷带镜可有效减少眼睑与角膜上皮的接触，对角膜起到保护作用，同时有效延长药物的停留时间，可迅速缓解患者流泪，有异物感等不适。