直肠炎患者需根据病因进行治疗，主要是局部药物灌肠治疗，严重时也需要全身用药治疗。
一、一般治疗
1、饮食：严重腹泻伴随消化道出血的患者，可禁食、禁饮并给予肠外营养。
2、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，停止不洁性交，性交时用安全套。
3、改变肛周环境：及时清理肛周卫生，便后使用温水清洗或1:5000高锰酸钾坐浴，坐浴15~30分钟，每日1~2次，使肛周保持干燥环境。
二、药物治疗
1、溃疡性直肠炎：直肠给药，局部可应用美沙拉嗪，联合糖皮质激素保留灌肠法可有效缓解溃疡性直肠炎。若静脉注射无反应，可使用英夫利普单抗，可服用肠道益生菌改善溃疡性直肠炎患者的菌群失调。
2、感染性直肠炎：针对病原菌给予相应抗感染治疗。
3、放射性直肠炎：可用硫糖铝、美沙拉嗪、甲硝唑等药物，控制炎症和减少出血，可用大便软化剂缓解肠道梗阻。
4、嗜酸细胞性直肠炎：可使用抗组胺药物、糖皮质激素氟替卡松。还可使用免疫调节剂，如白三烯受体拮抗剂、IgE抗体等。
三、手术治疗
若药物治疗无法缓解患者症状，建议切除消化道受损部位，消融术可通过破坏出血的异常组织改善症状。
四、心理治疗
心理教育：患者应正确认识疾病，通过音乐疗法或渐进性肌肉放松训练，消除焦虑、悲观情绪；家属需为患者提供良好精神支撑，增强患者信心。
五、中医治疗
中药灌肠能较快缓解症状，促进肠黏膜损伤的修复。但对于出血量较大的患者慎用，有直肠穿孔倾向或梗阻者慎用。
六、其他治疗
高压氧治疗可通过改善组织血供、氧供，改善肠道炎性反应。