原发性蛋白质-热能营养不良症的病因包括食物摄入不足以及蛋白质-热能需要量增加等，具体如下所示。
1、食物摄入不足：战争和灾荒致食物短缺和营养素的质量低劣，尤其是在经济落后的国家和地区。另外婴幼儿喂养不当、母乳不足或过早断乳、不良饮食习惯，如挑食、偏食等亦可造成蛋白质-热能营养不良症。
2、蛋白质-热能需要量增加：妊娠、哺乳、儿童生长发育期的饮食中营养补充不足，则易造成蛋白质-热能营养不良症的发生。
参考资料：[1]王辰，王建安.内科学（下册）.第3版[M].北京.人民卫生出版社.2015.