肺地丝菌病在治疗方面主要增强患者机体免疫力，选择抗真菌药物，及对症支持治疗。根据病人的临床症状的轻重，决定疗程长短。
一、一般治疗
1、提高机体免疫力：针对原发疾病进行治疗，如糖尿病，予以降糖治疗，稳定控制血糖；系统性红斑狼疮，予以免疫治疗，在治疗原发病的基础上，提高机体免疫力。
2、合并症的治疗：如有全身感染性疾病，予以全身抗感染治疗，同时予以其他症状支持治疗。
二、药物治疗
1、伊曲康唑：餐后口服生物利用度最高，吸收快，根据临床和检验结果确定用药期的长短。
2、氟康唑：氟康唑是治疗真菌感染的一种药物，为广谱抗真菌药，对念珠菌病及皮肤真菌病有良好效果。
3、碘化钾药物：碘化钾溶液具有调节免疫功能的作用，协助体内细胞清除真菌的功能，缓解机体症状。
三、手术治疗
肺地丝菌病在一般无手术治疗。