甲减对于胎儿的影响具有多方面，如果母体有甲减，导致甲状腺激素水平不足，会严重影响胎儿大脑及全身正常的发育。如果在胎儿时期甲状腺激素水平不足，骨骼和脑的发育停滞会表现为身体矮小、智力低下的呆小症。在怀孕的前三个月，母体是胎儿唯一的甲状腺激素来源。胎儿的大脑结构发育，完全依赖于母体的甲状腺激素。
甲状腺激素能够促进机体的新陈代谢，维持机体正常的生长发育，对神经、骨骼、心血管等系统都有影响。对于母体来说，在怀孕期间甲减不仅影响胎儿的生长、发育，还会增加妊娠期流产、先兆子痫、胎盘早剥等合并症的发生率。