复发性阿弗他溃疡病因复杂，目前尚未明确，且存在明显的个体差异。目前认为复发性阿弗他溃疡与下列因素相关，遗传、免疫功能紊乱、病毒或细菌感染、胃肠疾病、贫血、内分泌失调、营养缺乏以及精神紧张等，导致口腔黏膜免疫应答增强和促炎症反应细胞因子的激活或缺血缺氧，使口腔黏膜局部损伤。
一、主要病因
1、病毒或细菌感染因素：复发性阿弗他溃疡患者的病损部位可能存在链球菌、幽门螺杆菌、腺病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒或乳头状病毒等，易导致感染。
2、系统性疾病因素：复发性阿弗他溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝胆疾病及由寄生虫引起的各种消化系统疾病或功能紊乱密切相关。
二、诱发因素
1、社会心理因素：患者心理状态、食品添加剂和营养失衡、生活节奏和生活习惯等环境因素均与复发性阿弗他溃疡的发生有一定关系，复发性阿弗他溃疡患者倾向于具有情绪不稳定的个性特征。
2、遗传因素：家族中有该疾病的人群，其亲属患病风险会增加。
3、维生素缺乏：患者挑食或是体内维生素，如维生素B12缺乏，可增加患病的几率。