溃疡性口腔炎的治疗原则为及时控制感染，局部治疗与全身治疗同时进行。治疗方式以药物治疗和对症治疗为主，本病经正规积极的治疗，一般预后良好。
一、药物治疗
1、头孢类药物：属于抗生素类，涂片检查找到致病菌后，根据不同的致病菌选用不同的抗生素，如链球菌感染可选用头孢类控制感染。头孢过敏者禁用，服用期间严禁饮酒及含酒饮料。
2、金霉素达克罗宁甘油：在溃疡面涂2.5%~5%的金霉素达克罗宁甘油以促进溃疡愈合，此类药物还包括锡类散等。
3、依沙吖啶溶液：可用0.1%的依沙吖啶等口腔漱口液或3%的过氧化氢溶液保持口腔清洁。过敏体质者禁用，用药部位如有烧灼感、瘙痒及红肿等不良情况应立即停药，并将局部药物洗净，必要时向医师咨询。
二、手术治疗
该病一般无需手术治疗。
三、其他治疗
出现高热时，应用物理降温或药物降温，及时补充水与电解质。